Powstanie Katedry Anatomii, ufundowanej przez Jana Zemelkę, datuje się na rok 1602. Działalność Krakowskiej Katedry rozpoczyna się jednak dopiero 13 lat później – w 1615 roku, kiedy to kierownictwo obejmuje Maciej Woleński. Od początku swojego istnienia Katedra związana jest z najstarszą polską uczelnią – Uniwersytetem Jagiellońskim.

Trudno jest ustalić, gdzie odbywały się zajęcia z anatomii – informacje na ten temat są bardzo skąpe i nieścisłe. Wiadomo, że początkowo anatomia wykładana była razem z fizjologią oraz z medycyną ogólną. W dziejach Katedry zdarzały się okresy niedoboru obsady kadry lub studentów, jak również – wielokrotnie – brak miejsca do prowadzenia wykładów, ćwiczeń i zajęć prosektoryjnych. Od około 1780 roku wykłady z anatomii odbywały się w kolegium szpitala św. Barbary przy Małym Rynku. W tym też czasie wprowadzono ćwiczenia prosektoryjne na zwłokach ludzkich, zastępując dotychczasowe ćwiczenia na zwierzętach. Rok 1780 jest to również data początków istnienia Muzeum Anatomicznego, zwanego wówczas Gabinetem Anatomicznym. W kolejnych latach zajęcia z anatomii przeniesiono do budynku Collegium Physicum na rogu ulic św. Anny i Jagiellońskiej. W roku 1868, po utworzeniu Katedry Fizjologii, anatomia staje się przedmiotem nauczanym oddzielnie.

Obecny budynek Zakładu Anatomii Opisowej przy ulicy Mikołaja Kopernika 12 został wybudowany w latach 1869 – 1872. Projekt budynku stworzył Ludwik Teichmann. Początkowo był to budynek jednopiętrowy, z salą wykładową mieszczącą 200 osób, zawierający sale muzealne, a także pomieszczenia dla profesorów, asystentów oraz posługaczy. Już w tym czasie na frontonie umieszczono napis „THEATRUM ANATOMICUM”.

Podczas drugiej wojny światowej nauczanie anatomii odbywało się w sposób tajny, przy zamkniętym prosektorium i braku dostępu do zwłok. W 1945 roku wznowiono prowadzenie zajęć w prowizorycznym prosektorium, urządzonym w sali wykładowej Zakładu Anatomii. W okresie powojennym rozpoczęto rozbudowę zakładu – utworzono dodatkowe piętro, szereg nowych pomieszczeń, a także wprowadzono centralne ogrzewanie i odpowiednie oświetlenia sal. Unowocześniony zakład został oddany do użytku w 1956 roku. W ostatnich latach dokonano kapitalnego remontu Katedry. Została zreorganizowana działalność dydaktyczna poprzez wprowadzenie do procesu nauczania technik komputerowych. Jednocześnie Katedra podtrzymuje wielowiekową tradycję nauki przedmiotu w salach prosektoryjnych.
 

Biografie kierowników Katedry Anatomii

• Maciej Wojeński (? – 1648). Ukończył studia lekarskie w Krakowie, otrzymał dwa doktoraty: w 1609 roku z filozofii i w 1613 roku z medycyny; trzykrotnie pełnił funkcję rektora UJ.
   
• Piotr Mucharski (1589-1666). Studiował medycynę w Krakowie i we Włoszech; dyplom doktora uzyskał w Padwie w 1619 roku.
   
• Gabriel Ochocki (? – 1673). Stopnie z filozofii uzyskał w latach 1620-1622; tytuł bakałarza medycyny otrzymał w 1628 roku, a dyplom doktora medycyny w 1629 roku; czterokrotnie pełnił funkcję rektora UJ.
   
• Jacek Łopacki (1620-1702). Stopnie filozoficzne uzyskał w latach 1640 i 1642; studiował w Padwie, gdzie otrzymał stopień doktora medycyny.
   
• Jan Zajączkowicz (? – 1717). Studiował filozofię w Krakowie i medycynę za granicą.
   
• Stanisław Wadowski (1712-1769). Studiował filozofię w Krakowie i medycynę w Rzymie; stopnie filozoficzne uzyskał w latach 1731 i 1732; doktorat z medycyny otrzymał w 1750 roku. 
   
• Jan Camelin (? – 1774). Studiował filozofię i medycynę w Krakowie; stopień magistra filozofii oraz doktora medycyny uzyskał w 1744 roku.
   
• Andrzej Badurski (1749-1789). Studiował medycynę w Bolonii, po uzyskaniu doktoratu wrócił do Krakowa; opracował projekt urządzenia Katedry Anatomii , zwrócił uwagę na potrzebę założenia prosektorium i muzeum anatomicznego.
   
• Rafał Czerwiakowski (1743-1816). Studiował medycynę w Rzymie; doktorat z medycyny uzyskał w 1776 roku; w 1779 roku został profesorem anatomii, chirurgii i położnictwa; wprowadził sekcje zwłok i ćwiczenia prosektoryjne do nauczania anatomii; przyczynił się do powstania zalążka muzeum anatomicznego (tzw. gabinet anatomiczny).
   
• Wincenty Szaster (1757-1816). Odbył studia za granicą, doktorat otrzymał w Bolonii w 1778 roku, następnie przebywał w Paryżu; po powrocie do kraju został mianowany profesorem anatomii i fizjologii (1782); kontynuował pracę nad zbiorami muzeum anatomicznego – macerował kości, nastrzykiwał naczynia, konserwował zwłoki w spirytusie.
   
• Alojzy Vetter (1756-1806). Studiował w Wiedniu.
   
• Jan Stummer (1784-1845). Studiował medycynę w Krakowie; doktorat uzyskał w 1808 roku.
   
• Józef Kozłowski (? – 1856). Studiował medycynę w Krakowie; doktorat uzyskał w 1813 roku.
   
• Antoni Kozubowski (1805-1880). Studiował medycynę w Warszawie, Krakowie, Wrocławiu, Dreźnie, Monachium i Wurzburgu; doktorat medycyny uzyskał w 1833 roku; w ogromnym stopniu przyczynił się do rozbudowy muzeum anatomicznego.
   
• Ludwik Teichmann (1823-1895). Wydział lekarski ukończył w Getyndze w 1855 roku; uzyskał dyplom doktora medycyny, chirurgii i sztuki położniczej; zajmował się badaniem układu chłonnego, ulepszaniem metodyki badań anatomicznych (maceracja, korozja, konserwacja mózgów, masa kitowa) oraz metodą wykrywania kryształów krwi (hemina); pełnił funkcje dziekana Wydziału Lekarskiego, wiceprezesa Akademii Umiejętności, dyrektora Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego, przewodniczącego Sekcji Antropologicznej, ponadto pełnił godność rektora UJ.
   
• Kazimierz Kostanecki (1863-1940). Studia medyczne ukończył w Berlinie w 1890 roku; uzyskał doktorat z medycyny i chirurgii w 1980 roku; został mianowany profesorem zwyczajnym w 1894 roku; zajmował się zagadnieniami embriologii (mechanika rozwoju, sztuczna partenogeneza, organogeneza); zorganizował w Katedrze Anatomii dwie pracownie: neurologiczną i mechaniki rozwoju; dotychczasowy sposób nauczania poszerzył o zagadnienia embriologii i anatomii porównawczej, wprowadził seminaria; pełnił funkcje: dziekana Wydziału Lekarskiego (1897/1898), prodziekana (1906), rektora (1913-1916) oraz zajmował wiele innych stanowisk; wielokrotnie otrzymał godność doktora honoris causa na UJ, w Wilnie, Genewie i Padwie.
   
• Zygmunt Szantroch (1894-1940). Studia medyczne ukończył w 1928 roku, uzyskując tytuł doktora medycyny; został mianowany profesorem nadzwyczajnym w 1936 roku; zajmował się badaniem układu nerwowego (głównie autonomicznym), zawartością i rozkładem tłuszczu w ciele ludzkim oraz zagadnieniami teratologii; opracowywał i doskonalił metody badań mikroskopowych oraz wykonywanie preparatów anatomicznych.
   
• Tadeusz Rogalski (1881-1957). Studiował medycynę w latach 1901-1908; uzyskał tytuł doktora habilitowanego w 1925 roku; w 1936 roku został mianowany profesorem nadzwyczajnym anatomii; zajmował się badaniem układu nerwowego oraz anatomią stosowaną; podjął się rozbudowy Zakładu Anatomii oraz napisania podręcznika dla studentów; pełnił funkcję pierwszego rektora Akademii Medycznej.
   
• Janina Sokołowska-Pituchowa (1915-2011). Uzyskała dyplom lekarza w 1939 roku we Lwowie; stopień doktora nauk medycznych otrzymała w 1946 roku; uzyskała tytuł doktora habilitowanego w 1960 roku; w 1967 roku została mianowana profesorem nadzwyczajnym, a w 1974 roku profesorem zwyczajnym; zajmowała się głównie organogenezą (prawidłową i patologiczną), angiologią i historią medycyny; unowocześniła program zajęć dydaktycznych (w kierunku klinicznym), opracowała skrypty dla studentów, brała czynny udział w przygotowywaniu reformy studiów medycznych, opracowała projekt programu zajęć pierwszych lat studiów; pełniła funkcję prodziekana (1962-1968).
   
• Tadeusz Radecki (?-2005). Prof. dr hab. Tadeusz Radecki – dyrektor Instytutu Biologiczno-Morfologicznego w latach 1989-1992, kierownik Katedry Anatomii Opisowej i Topograficznej w latach 1986-1992, długoletni pracownik Instytutu Fizjologii Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Krakowie. Autor skryptów i programów nauczania z zakresu fizjologii, brał czynny udział w szkoleniu podyplomowym, autor prac naukowych ogłoszonych w czasopismach fizjologicznych i gastroenterologicznych krajowych i zagranicznych, był wiceprezesem i członkiem Krakowskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego.
   
• Andrzej Skawina (1934-2002). Dyplom studiów medycznych uzyskał w 1959 roku w Krakowie; w 1978 roku otrzymał stopień doktora nauk medycznych; w 1992 roku uzyskał tytuł doktora habilitowanego; tytuł profesora nauk medycznych otrzymał w 2000 roku; zajmował się głównie badaniem układu naczyniowego, myologią oraz osteologią; przyczynił się do wyremontowania muzeum anatomicznego i sali wykładowej Katedry Anatomii, wyposażył zakład w nowoczesne pomoce naukowe, opracował skrypty dla studentów.
   
• 2002 – p.o. Janusz Gorczyca (ur.1949)

• 2002-2008 – Wojciech Nowak (ur.1949) – w latach 1968-1974 studiował na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika w Krakowie uzyskując dyplom lekarza medycyny, specjalista chirurgii ogólnej I stopnia (1977) i II stopnia(1984), adiunkt I Katedry Chirurgii Ogólnej UJ CM, Specjalista Wojewódzki w dziedzinie Transplantologii Klinicznej, Prodziekan, a następnie Dziekan Wydziału Lekarskiego UJ CM, Prorektor Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Członek licznych towarzystw naukowych, polskich i zagranicznych. Kierownik Katedry Anatomii UJ CM w latach 2002-2008 – przyczynił się do rozkwitu krakowskiej anatomii, poprzez modernizację i restaurację budynku Katedry, wprowadzenie zajęć przy użyciu technik multimedialnych, integrację zajęć klinicznych z zajęciami o charakterze podstawowym, a także liczne sukcesy w restytuowanym Ogólnopolskim Konkursie Anatomicznym dla Studentów „Scapula Aurea”. Opiekun ukończonego przewodu doktorskiego z zakresu anatomii (dr K. Kulka) oraz jednego przewodu habilitacyjnego także z anatomii (dr hab. J. Walocha). Ponadto w czasie jego kadencji otwarto pięć dalszych przewodów doktorskich. W latach 2012-2020 Prof. dr hab. med. Wojciech Nowak piastował godność Jego Magnificencji Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego.
   
•  od 2009 Jerzy Walocha (ur. 1966)